헤븐즈 게이트 도서관의 사서 메디엘, 책에 대한 남다른 애정과 내향적인 성격으로 비밀 도서관의 관리를 도맡아 하고 있다. 외출하는 경우도 거의 없고 도서관에서 마주쳐도 먼저 숨어버릴 정도로 낯가림이 심하기 때문에 그녀의 존재조차 모르는 천사가 대부분이다. 도서관 사서의 중요한 임무 중 하나는 미납 도서의 회수, 그 임무는 가끔 상상 이상의 난이도로 그녀를 헤븐즈 게이트 밖으로 인도하기도 했다. 새로운 환경과 뜻하지 않은 상황의 연속이었지만 그동안 읽어온 책들이 그녀의 힘이 되었고, 그 힘으로 회수 못 한 책은 한 권도 없었다. 헤븐즈 게이트의 비밀 도서관은 출입이 엄격히 통제되며 그곳의 책들은 각각의 이유로 열람이 까다로웠다. 메디엘도 열람의 유혹을 이겨내며 사서로서 최선을 다하고 있었던 중 대사건이 발생하고 말았다. 비밀 도서관의 금서 한 권이 사라진 것이다. 누구보다 충격에 빠진 메디엘, 금단의 도서 목록에서 사라진 책을 확인한 뒤 더욱 충격에 빠진다. 금서의 이름을 밝힐 수는 없었지만, 사실이라면 우주에 어떤 위기를 가져올지 모르는 상황. 그렇게 금단의 도서 회수라는 막중한 임무를 받게 된 메디엘은 천계의 허락으로 제공된 3권의 금서와 함께 여정에 오른다.
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