과거에 이 세계에는〈빛의 거인〉이라 불렸던 존재가 있다 빛의 거인은 한명의 지구인과 동화하여, 이성인이나 괴수의 침공으로부터 세계를 지켜왔다. 그 후 빛의 거인은 그 사명이 끝나, 자신의 고향으로 귀환하며, 동화했던 지구인은 지금까지의 기억을 잃어버렸다. 40년후, 울트라맨의 존재가 과거가 되버린 세계. 태어나면서부터 특수한 능력을 지닌 고교생 하야타 신지로는, 어느날 돌연, 수수께끼의 적에게 습격당해 위험에 처한다. 그런 신지로의 앞에 그의 아버지 하야탸 신이 나타나 자신은 과거에 울트라맨이었다는것을 고백하였다. 그리고 신지로는 특수기관〈과학특수대〉의 이데에게서 울트라맨 슈츠를 맡겨지게 된다. 「단도직입으로 말하지-. 네가 울트라맨이 되어줘야겠다.」