에도 시대에 나가오카 번의 조카마치(城下町)로 번성했으나 보신 전쟁때 나가오카 번이 오우에츠 열번 동맹에 가담했다가 신정부군에게 성이 함락되면서 피해를 입었다. 게다가 제2차 세계 대전 막바지인 1945년 8월 1~2일에 미군이 소이탄을 대량으로 투하하여 시가지의 80%가 소실되기도 했다. 그럼에도 전후에 빠르게 복구가 이루어져 성장했고, 2007년에는 특례시로 지정되었다.
이렇듯 두 번에 걸쳐 시련을 겪은 도시이다 보니 번의 중심지였던 곳 치고는 유적이 그리 많지 않다. 대표적으로 나가오카성(長岡城) 터는 보신 전쟁 때 전소된 후 부지가 여러 곳에 매각되고 혼마루 자리에는 나가오카역이 들어서서 복원은 커녕 흔적을 찾기도 어렵다. 대신 매년 8월 1~3일에 열리는 '나가오카 마츠리' 때 시행되는 불꽃축제가 일본 3대 불꽃축제 중 하나로 유명하다.[2]