1977년 아칸소 주 보건국장인 아버지와 교장선생님인 어머니 밑에서 태어났으며 다르다넬이라는 작은 시골마을에서 자랐다. 가족들이 모두 키가 큰 편인데 톰 코튼 의원도 키가 196cm로 매우 크며 이 덕분에 고교시절 농구선수로 활동하기도 하였다.
1995년 하버드 대학교에 입학하고 3년만에 학사학위를 받고 졸업했다. 재학시절에는 하버드 교내 신문인 Harvard Crimson의 편집장으로도 재직하였다. 졸업 후 클레어몬트 대학원대학교에 석사과정으로 진학했지만 1년만에 그만두고 하버드 대학교로 돌아와서 로스쿨 법무박사 과정을 수료했다. 로스쿨 졸업 후에는 연방 항소법원 판사 서기로 일하였고 이후에 로펌 그룹에서 입사하여 몇달동안 업무을 보다가 미 육군에 자원입대했다. 2005년 보병으로 입대하였는데 입대 1년 후에 코튼 의원은 이라크로 파병을 가게 됐다. 이라크와 아프가니스탄에서 복무한 뒤 2009년 전역하였고 2013년까지 예비군에서 복무하게 된다.