이 영에서 정하는 직무 범위를 벗어나서 하는 민간인에 대한 정보 수집 및 수사, 기관 출입 등의 모든 행위
군인등에 대하여 직무 수행을 이유로 권한을 오용·남용하는 모든 행위
이 영에서 따른 권한을 부당하게 확대 해석·적용하거나 헌법상 보장된 국민(군인 및 군무원을 포함한다)의 기본적 인권을 부당하게 침해하는 모든 행위
사령부는 다음 각 호의 직무를 수행한다(제4조제1항).
군에 대한 다음 각 목의 보안업무
가. 보안업무규정 제45조제1항 단서에 따라 국방부장관에게 위탁되는 군사보안에 관련된 인원의 신원조사 나. 보안업무규정 제45조제2항 단서에 따라 국방부장관에게 위탁되는 군사보안대상의 보안측정 및 보안사고 조사 다. 군 보안대책 및 군 관련 보안대책의 수립·개선 지원 라. 그 밖에 국방부장관이 정하는 군인·군무원, 시설, 문서 및 정보통신 등에 대한 보안업무
다음 각 목에 따른 군 방첩 업무
가. 방첩업무 규정 중 군 관련 방첩업무 나. 군 및 방위사업법에 따른 방위산업체 등을 대상으로 한 외국·북한의 정보활동 대응 및 군사기밀 유출 방지 다. 군 방첩대책 및 군 관련 방첩대책의 수립·개선 지원
다음 각 목에서 정하는 군 관련 정보의 수집·작성 및 처리 업무
가. 국내외의 군사 및 방위산업에 관한 정보 나. 대(對)국가전복, 대테러 및 대간첩 작전에 관한 정보 다. 방위사업법에 따른 방위산업체 및 전문연구기관, 국방과학연구소법에 따른 국방과학연구소 등 국방부장관의 조정·감독을 받는 기관 및 단체에 관한 정보 라. 군인 및 군무원, 군인사법에 따른 장교·부사관 임용예정자 및 군무원인사법에 따른 군무원 임용예정자에 관한 불법·비리 정보
가. 정보작전 방호태세 및 정보전(情報戰)지원 나. 정보통신기반 보호법 제8조에 따라 지정된 주요정보통신 기반시설 중 국방분야 주요정보통신기반시설의 보호지원 다. 방위사업청에 대한 방위사업 관련 군사보안업무 지원 라. 군사보안에 관한 연구‧지원
제1항제5호다목에 따른 방위사업 관련 군사보안 업무 지원의 범위 및 절차는 국방부장관이 국가정보원장 또는 방위사업청장과 협의하여 정한다(제4조제2항).
제1항제5호라목에 따른 군사보안에 관한 연구·지원의 범위는 국방부장관이 국가정보원장과 협의하여 정한다(제4조제3항).
사령부 소속의 모든 군인등은 상관 또는 사령부 소속의 다른 군인등으로부터 제3조제2항 각 호에 해당하는 행위를 하도록 지시 또는 요구받는 경우 국방부장관이 정한 절차에 따라 이의를 제기할 수 있다. 이 경우 지시 또는 요구가 시정되지 아니하면 그 직무의 집행을 거부할 수 있다(제5조).
기존의 국군기무사령이 본문 7조로 이뤄진 데 반해 새로운 국군방첩사령부령은 11조로 내용이 늘어났다. 추가되고 바뀐 부분은 다음과 같다.
기본원칙이 새로 추가돼서 부대의 정치적 중립과 직무에서 벗어난 정치 활동 관여 및 민간인 사찰과 정보 수집 및 수사 등의 행위를 금지시켰다.
사령부 소속 군인 및 군무원 등이 상관이나 다른 사령부원으로부터 부당한 지시 혹은 요구를 받을 경우 이의 제기와 그 직무의 집행을 거부할 수 있도록 했다. 상명하복을 중요시하는 군의 특성상 어쩔수 없는 부당한 명령(ex. 민간인 사찰, 계엄문건 작성, 정치관여)을 받을 경우 거부할 수 있는 근거를 마련한 셈.
사령관-참모장 외에 감찰실을 통해 조직 내부의 비위 및 감사 검열, 민원 사항에 대한 조사를 할 수 있도록 했다. 기존 기무사에서도 내부의 감찰조직은 존재했지만 대통령령으로 근거를 분명히 했다.
감찰실장은 군인이 아닌 군무원, 검사, 고위공무원단으로만 선임토록 했으며 법무부를 통해 검사나 감사원을 통해 고위공무원의 파견을 요청 할 수 있는 근거를 마련했다. 이전에는 기무사 조직내부의 군인을 기용했던 것에서 벗어나게 강제한 셈이다.
사령부의 정원은 국방부장관이 정하는 것은 동일하나 전체 조직원 중에서 군인은 70%를 넘지 않게 제한했다. 여기서 병 신분의 군인은 군인의 비율에 포함되지 않는다. 사실 조직을 어느정도 문민화 하려는 시도인데 이건 1, 2번과 관련된 중요 사항이기도 하다. 사실 국방부 내부의 참모조직이나 외청화도 기무사개혁안에 포함된 이유가 군 조직으로서의 문제가 컸기 때문이다. 물론, 군의 방첩과 보안을 담당하기에 결국 현재와 같은 독립 사령부로는 남았다.
기무사 때와 달리 국군방첩사령부로 바뀌면 위장명칭을 사용할 수 없다. XX공사 같은 명칭을 사용할 수 없다는 소리다.
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